Cyclone IV GX の Hard IP のトランシーバを使用するデザイン （例：PCI Express Compiler） で、refclk には内部で分周 (逓倍) したクロックを接続しても良いですか？

いいえ、できません。

refclk には、クロック入力ピンからダイレクトに接続する必要がございます。