アルテラのウェブサイト IBIS > Quartus II 出力 IBIS となります。

理由は、アルテラのウェブサイトからダウンロードした IBIS ファイルは、デバイスで構成できる全ての情報が含まれております。
一方、Quartus II から出力される IBIS ファイルは、そのプロジェクトで設定された I/O Standard に合わせてファイルが生成される為、必要な情報のみになっております。