はい、対応可能です。

Quartus II Ver.11.0から Qsys が正式版として使用できますが、そのバージョンから PCI-Express の実現が可能となります。

今まで SOPC Builder のペリフェラルとして PCI-Express を実現する場合、Gen2 対応はできませんでしたが、Qsys では、Gen2の x8までの対応が可能となります。 ただし、ターゲットのデバイスは、PCI-Express の Gen2に対応している必要があります。