使用される機器 （環境） によります。

一般的に流通するオープンシステムで使用される場合には、PCI-SIG で自社 ID を取得し、その ID を設定することをお勧めします。
そうでない場合、例えば、特定用途でのみ使用される場合や、一般ユーザからは見えないシステム内部でのみ使用するならば、デフォルトのインテル（旧アルテラ）のベンダー ID を使用して問題ありません。

下記 URL リンクの Knowledge Database にも情報がありますので、ご参照ください。
https://www.intel.co.jp/content/www/jp/ja/programmable/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd07022001_158.html