これは、ModelSim-Altera Edition 6.5e (include Starter Edition) (Quartus II Ver.10.0対応) をインストール時に、Windows OS 環境変数 "PATH" に ModelSim 起動プログラムの保存されているフォルダが自動設定されないことが原因です。
（今まではインストール中に自動で設定されていました。）

この不具合は、Ver.10.1 (ModelSim-Altera Edition 6.6c) で改善されております。

なお、ModelSim-Altera を GUI 操作で実行されるユーザは、この作業は必須ではありません。

コマンド実行 （バッチなど）、NativeLink や Quartus II の Tools メニュー ⇒ Run EDA Simulation Tool ⇒ EDA RLT Simulation （または EDA Gate Level Simulation） を実行するユーザは必ず設定してください。
設定せず実行するとプログラムのパスがマップされないため、vsim などの実行がエラーになります。