PORSEL は High に設定してください。

PCI-Express 規格には、Tpvperl (電源が安定してから、RESET# がネゲートされるまで） が最小100ms と規定されており、この時間内に FPGA がユーザーモードになっている必要がございます。
PORSEL を Low にしますと、Tpvperl 時間に適合することができませんので、ご注意ください。

《補足1》
Stratix IV GX デバイスにおいて POR がモニタリングする電源系統は、VCCPGM、VCCPD、VCC、VCCPT、VCCAUX です。
電源と POR、及び PORSEL との関係が、Stratix IV DeviceHandbook に記載がございます。
キーワード　“Power-On Reset Circuitry” で検索し併せてご参照ください。

https://www.intel.com/content/dam/www/programmable/us/en/pdfs/literature/hb/stratix-iv/stx4_siv51009.pdf

《補足2》
電源シーケンスの注意点といたしまして、VCC は VCCAUX を立ち上げる前に0.9V に安定させていただきますようお願いいたします。