下記 URL リンクのユーザ・ガイドの Chapter 2: にプロトコルが掲載されております。
https://www.intel.com/content/dam/www/programmable/us/en/pdfs/literature/ug/ug_vip.pdf

ハンドシェイク通信 + パケット転送と考え、"start of packet"、"end of packet" 信号をトリガに「出ている」、「出ていない」を確認していくイメージとなります。

デバッグ手法の一例としては、SignalTap II と OnchipMemory (比較的少量の) を組合わせ、転送データをモニタリングすること、更に各種信号 (ready、valid、data 等) を追加観測することによって、動作中の解像度、i/p 等の状態が確認可能です。