FPGA では、TMDS の I/F を直接入力/出力することはできません。
FPGA で画像処理等を行わせる場合には、TMDS と FPGA 間に変換デバイスを入れていただく必要がございます。

インテルの Web ページに、Cyclone III を使用したブロック図が掲載されている資料が公開されております。
下記 URL リンクの、Figure 1.をご参照ください。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/wp/wp-01018.pdf