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クロック専用入力ピンから入力されたクロックと、PLL から出力されたクロックをセレクトし、内部回路に供給したのですが可能でしょうか。

クロック/PLL

MegaWizard Plug-Inmanager にて ALTCLKCTR を御使用いただくことで実現可能です。

最大 4入力のクロックをセレクト信号で切り替えることが可能です。
但し、クロック入力数により、セレクトできるリソースは以下になります。
  2クロック系統の入力以下 => clk input pin or PLL input どちらでも可能
  3クロック系統の入力入力 => clk input pin : PLL input = 2 : 1 or 1 : 2
  4クロック系統の入力入力 => clk input pin : PLL input = 2 : 2

サポートデバイス等の詳細情報は 下記 URL リンクの User Guide より確認が可能です。
https://www.intel.com/content/dam/www/programmable/us/en/pdfs/literature/ug/ug_altclock.pdf



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