Nios II  に限らず組込みシステム全般で言えることですが、C/C++ では標準関数を使用しない記述方法にすることで実行形式ファイルを縮小できるケースが多いです。
また、Nios II SBT の設定で .elf のプログラム・サイズを小さくできる場合があります。詳細については、
「Nios II SBT によるソフトウェア開発　セクション2」の 4章 Nios II コード・サイズを参照ください。