<エラー・メッセージ>
  Error: Quartus II software cannot combine the following Calibration block(s) due to inconsistent parameters and/or input connections　

トランシーバ・チャネルを複数用意した場合、キャリブレーション用クロックを共通にする必要があります。
トランシーバ・ブロックの cal_blk_clk を同じクロック・ソースにすれば、エラーを回避できます。