可能です。
しかし、Synplicity では、最良の結果を得るための手段として、Synplify ソフトウェアで制約を設定し、Quartus II ソフトウェアには Tcl スクリプトを使用してその制約を渡すことを推奨しております。
パフォーマンスを考慮される場合は、Quartus II ソフトウェア内から Synplify を呼び出す方法は推奨していません。

詳細につきましては、下記 URL リンクの Quartus II Handbook より、キーワード “Using the Quartus II Software to Run the Synplify Software” で検索し、ご参照ください。
  https://www.altera.co.jp/ja_JP/pdfs/literature/hb/qts/quartusii_handbook.pdf

NativeLink 機能を使用するための設定につきましては、エルセナ資料：Quartus II はじめてガイド - EDA ツールの設定方法　をご参照ください。