はい、必要です。

通常、トランシーバ・ブロックの Dynamic Reconfiguration は、受信のアナログ設定や CMUPLL の設定、データレートの動的な変更、その他の機能変更を FPGA 全体のリコンフィギュレーションなしで行う機能です。 これに、Arria II GX、Stratix IV GX シリーズからさらにオフセット・キャンセラレーションという機能が追加になりました。

この機能は、電源投入時に受信のバッファと CDR のプロセスによる変動を補正する機能であり、受信特性のプロセスによるばらつきが補正され、より安定して受信データを受け取ることができるようになります。

このオフセット・キャンセラレーションという機能は、 ALTGX_RECONFIG を実装することで有効となります。 対象は、受信ブロックを含んだ ALTGX ブロックに対してです。 なので、正確には送信ブロックのみを ALTGX で構成した場合には、ALTGX_RECONFIG を実装する必要はありません。

詳細は、下記 URL の資料を参照ください。
 ・http://www.altera.co.jp/literature/hb/arria-ii-gx/aiigx_52001.pdf
    キーワード ”Receiver offset cancellation” で検索

・http://www.altera.co.jp/literature/hb/stratix-iv/stx4_siv52005.pdf
    キーワード “Offset Cancellation Feature” で検索