明確に定義された情報はございません。

弊社では、JTAG を使用して デバックをされる場合、40MHz 以上を推奨しております。
実験レベルですが、JTAG Level を “No Debugger” にし、Cyclone III Starter Kit 3c25にて、10KHz でも動作させることはできました。

実際のアプリケーションで使用する際には、十分な事前検証を行なった上で最終判断をお願いします。
また、Nios II へ供給するクロックを PLL を使用して生成する場合、PLL の仕様より生成クロックに制限がございますので、各デバイスの Device Handbook に記載の、最小/最大の設定値をご参照下さい。