はい、対応しています。

下記 URL リンクのユーザー・ガイドで、キーワード “Lane Initialization and Reversal” で検索し、各組み合わせをご参照ください。

https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/ug/ug_pci_express.pdf

Table 9-5.Lane Assignments with Reversal が入れ替えのパターンですが、例えば
  - Core Config : 4
  - Slot Size : 4
の時、2:1 (lane2と lane1) と3:0 (lane3と lane0) の入れ替えが自動的に認識されます。