下位階層に対する SDC ファイルがある場合、最終的にトップに統合する方法がもっとも直感的で簡単です。

例えば、階層設計を行っていて、下位のモジュールをトップとした設計を行い、そのモジュールに対して SDC ファイルを作成した場合、最終的には、統合後のトップモジュール上で改めて SDC ファイルを生成し、下位階層の SDC を統合させます。
ただし、インテルの各種 IP より生成される SDC ファイルは、階層設計の下位階層で使用されることを想定し、SDC ファイル内とそこから呼び出される TCL ファイルの記述によって正しく制約されますので、変更せず、そのまま使用で問題ありません。