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トランシーバ・ブロックが CDR (Clock Data Recovery) により LTR (Lock to Reference) か LTD (Lock to Data) になった時に、リセットは入れる必要はありますか？
LTR / LTD の切り替えがあった場合は、一旦リセットを入れて頂くことを推奨しています。
リセットのシーケンスにはトランシーバの構成により多種有ります。
下記 URL リンクの Device Handbook より、キーワード "Transceiver Reset Sequences Chart" で検索し、 Figure 4-2. のチャートにて適切なリセットの制御を選択して下さい。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/stratix-iv/stx4_siv52004.pdf
経験豊富なFAEが