LTR と LTD の判断は、rx_freqlocked で判断できます。

rx_freqlocked 信号レベルが Low の時に LTR で、High で LTD になります。

rx_pll_locked は RX 用リファレンス入力クロック (rx_cruclk) に対してロックしている場合に High になりますが、LTD の時ランダムにトグルしますので、rx_pll_locked だけでなく、rx_freqlocked も併せて参照して頂く事が良いです。