rx_freqlocked 信号は Lock to refclk (LTR) モードで Low になり、Lock to Data (LTD) モードで High になります。

さらに CDR には
  ・ オートロックモード ： CDR が自動的に LTR から LTD にループを遷移
  ・ マニュアルモード ： rx_locktorefclk、rx_locktodata を使用してユーザが LTR と LTD のループを制御
の2つのモードがあります。

マニュアルモードの時は、rx_freqlocked は無視されてしまいますが、オートロックモードでは
  rx_freqlocked が Low => High
によって CDR が LTR から LTD のループに遷移した事が判断できます。

アルテラとしてはオートロックモードを推奨としている為、各種リセットシーケンスで rx_freqlocked をモニタしていますので、rx_freqlocked は基本的に監視して頂いた方が良い信号です。

LTR から LTD に遷移するタイミングは、下記 ULR リンクの P27
  ・ Figure 1-2. Lock Time Parameters for Manual Mode
  ・ Figure 1-3. Lock Time Parameters for Automatic Mode
をご参照下さい。

 https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/stratix-iv/stx4_siv54001.pdf