Triple Speed Ethernet (TSE) では、1000BASE-X/SGMII PCS モードで使用する場合に限り、オート・ネゴシエーションに対応します。

このモードは、物理層として使用されるトランシーバ・ブロックを内蔵した FPGA に実装するときに利用できます。
TSE を MAC 層として使用する場合、オート・ネゴシエーションは PHY 側で行なわれます。

詳細につきましては、下記 URL リンクのユーザーガイドより、キーワード “AUTO NEGOTIATION” で検索し、ご参照ください。
 https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/ug/ug_ethernet.pdf