はい、ベリファイできます。

jic ファイルでプログラミングを実行した EPCS デバイスに対して、pof ファイルでベリファイをすることが可能です。また逆に、pof ファイルでプログラミングを行った EPCS デバイスに対して、jic ファイルでベリファイをすることも可能です。
（このとき、jic ファイルは JTAG モード、pof ファイルは Active Serial モードによるプログラミング実行です。）

作業する上での注意事項
 ・ jic ファイル、pof ファイル 共に同じ sof ファイルから生成されたものでなければなりません。
 ・ 同じデザインであってもそれぞれのファイルの Checksum ID が異なっている場合は、ベリファイ・エ
    ラーになります。
 ・ 書き込まれたファイルが圧縮されていた場合、整合をとるもとのデータも圧縮されたファイルである必要
    があります。