コンフィギュレーションが完了しない原因を以下に示しますので、ご確認ください。

 1. 使用している Flash-ROM のリセットは正しく行われているでしょうか？
    ⇒電源安定後、Flash-ROM のリセットを正しく掛けた後、PFL が動作する必要があります。
       Flash-ROM のリセットが正しく掛けられていない場合、Flash-ROM が不安定な状態となり、
       コンフィグレーションを繰り返す現象が確認されております。

 2. CONF_DONE 信号は外部で10KΩ プルアップされていると、複数の FPGA をコンフィグレーションしてい
    るような場合、CONF_DONE 信号がなまり過ぎて、PFL が誤動作する場合があります。
    この場合もコンフィグレーションを繰り返す可能性があります。
 　　⇒ 対策としては、CONF_DONE 信号が接続されている MAX II デバイスの I/Oピンに対し、
         シュミット・トリガ設定をしてください。

         設定方法は、Assignment Editor で、I/O Standard を "3.3V Schmitt Trigger Input" とし、
         コンパイルすることで反映されます。

☆ 関連資料
   ・『Quartus II はじめてガイド - Assignment Editor の使い方』