サブスクリプション・エディション と Web エディション のコンパイラ性能は全く同じです。
ただし、デバイスのサポート状況やその他の機能の使用の有無に違いにがあるため、サブスクリプション・エディションは多彩なコンパイルが実行可能です。
それにより結果に差が生じる場合がありますが、同一のオプション環境にした場合には両エディションのコンパイル結果は同じです。

両エディションの差分に関しては、下記 URL リンクの公開情報をご参照ください。
 https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/po/ss_quartussevswe.pdf