Quartus II は、EDA ツールを使用した場合の開発フローをシームレスに行えるように NativeLink インテグレーション機能を採用しています。
 
例えば Quartus II 上でコンパイルを実行するとき、論理合成部分のプロセスだけを他メーカーの論理合成ツールに行わせたり、Quartus II 上からシミュレータ・ツールを起動、実行させることが可能です。

EDA ツールのオプションなどの設定は各ツールにおいてあらかじめ設定しておく必要がありますが、複数のツールを一連のフローで操作できるため、ネットリストのインタフェースなど作業が簡素化されます。

関連資料
Quartus® ガイド - EDA ツールの設定方法