SERDES 回路を実現するためのアルテラ・メガファンクション （ライブラリ） をご利用ください。
Quartus II の MegaWizard Plug-In Manager （Tools メニュー） より簡易的に作成可能です。

MegaWizard Plug-In Manager 起動後、 メガファンクション・リスト内の I/O ディレクトリより "ALTLVDS" をご選択ください。

パラメータなどの設定内容については、以下の資料をご参考ください。
 ・ エルセナ資料 『ALTLVDS ユーザ・ガイド』
 ・ アルテラ 資料 『SERDES Transmitter/Receiver Megafunction User Guide (ALTLVDS)』
またサンプル・デザインもご入手いただけます。
  https://www.altera.com/support/literature/lit-ug.html
 
なお、ALTLVDS ファンクションをサポートする FPGA は以下のとおりです。
 ・ Stratix シリーズ
 ・ Cyclone シリーズ
 ・ Arria シリーズ
 ・ HardCopy シリーズ
 ・ APEX シリーズ