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Intel:Quartus II の Convert Programming Files を実行する際、複数の SOF ファイルの追加順番はどのようにすれば良いですか?

コンフィギュレーションされる FPGA の順番に合わせ、Input files to convert の SOF Data 欄に上から追加・登録してください。

一番上にエントリする SOF ファイルは 先頭の FPGA (マスタ) 用 SOF ファイル、一番下にエントリするのは一番最後にコンフィギュレーションされる FPGA (スレーブ) 用 SOF ファイルです。
 
FPGA 同士が nCEO、nCE でカスケード接続されている場合には、nCE ピンが GND 接続されているデバイスが先頭 (マスタ) デバイスと判断できます。

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