回路として最終的に中間信号になる下位階層デザインの I/O ポートに対し、仮想ピンとして指定することで回避することができます。仮想ピンに指定された I/O ポートは、ターゲット・デバイスの内部ロジックにマッピングされます。

仮想ピンの指定は、Quartus II のオプションにより設定にします。

Assignment Editor において、目的のピンに対し "Virtual Pin" オプションを設定してください。
 
詳細は、資料 『Quartus II はじめてガイド - よく使用するロジック・オプション設定方法（個別設定）』 より、 "仮想ピンの設定" をご参考ください。