アルテラ・デバイスの未使用ピンに対し、別のデバイスのピンが接続されている場合、アルテラ・デバイス側のピンを接続先のピンに応じた状態にする必要があります。

未使用ピンの属性の設定は、Quartus II よりオプションで制約します。ただし、入力専用ピン （例: クロック専用ピン） や JTAG ピン、コンフィギュレーション・ピン、PLL 関連ピンは特殊な専用ピンのため、Quartus II のオプションを設定することはできません。基板上で適切な処理を行ってください。
  （例: 未使用の入力専用ピン ⇒ GND へ接続）
 
Quartus II で設定できる属性タイプは以下のとおりです。
 ・ As input tri-stated
 ・ As output driving ground
 ・ As output driving vcc （個別ピン設定のみ）
 ・ As output driving an unspecified signal
 ・ As input tri-stated with bus-hold circuitry
 ・ As input tri-stated with weak pull-up resistor 
 
ただし、MAX 3000A、7000S/AE/B デバイスはデバイスの構造上、選択できるタイプが少なくなります。またバス・ホールドやプルアップ・レジスタ機能は、この機能をサポートしてるデバイスにのみ適用されますので、ご注意ください。

Quartus II でオプションを適用後は、オプション設定に応じた基板処理を行ってください。
 
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オプションの設定方法、およびクロック専用ピン、JTAG ピンなどの未使用時の取り扱いについては、公開中の資料 『Quartus II はじめてガイド - デバイスの未使用ピンの状態とその処理』 をご参照ください。