Quartus II の Pin Planner を使用することで設定可能です。
 
設定方法を以下に示します。
 1. Quartus II のメニューバーより Assignments ⇒ Pin Planner を選択。
 2. Pin Planner ウインドウのメニューバーより View  Show  Show I/O Banks を選択し、View 表示を
    Bank 毎に切り替えます。
 3. 設定したい IOBank を右クリック ⇒ I/O Bank Properties… を選択。
 4. I/O Bank Properties ウインドウの I/O Bank VCCIO: 欄に、設定したい電圧をプルダウンメニューより
    選択し、OK をクリックします。

設定変更後、コンパイル （ Fitter ) を実行しますと、この設定が反映されます。※ 必ずコンパイルレポートで該当 Bank の VCCIO が設定値となっているかをご確認してください。