TimeQuest では全てのクロックや I/O ピンに対してタイミング制約を掛けるように推奨しております。
 
Unconstrained Paths 項目が赤く表示されている場合、クロックや I/O ピンに対する制約の抜けがある為に発生していると思われます。
 
Report Unconstrained Paths コマンドで制約されていないクロックや I/O ピンを確認する事ができます。
制約を掛けていないクロックや I/O ピンが見つかったら
  ・タイミング解析が必要ならばタイミング制約を掛ける
  ・タイミング解析が不要であれば、タイミング制約を行わないように False Paths 制約を掛ける
 
TimeQuest Timing Analyzer の使用方法につきましては、下記資料をご参照ください。
 『TimeQuest ～タイミング制約の与え方～』
 『TimeQuest ～タイミング解析の用語と考え方～』
 『Quartus II におけるタイミング解析の概要 -TimeQuest-』
 『Quartus II はじめてガイド - タイミング制約の簡易設定方法 ～ TimeQuest Timing Analyzer Wizard ～』
 『Quartus II - TimeQuest Timing Analyzer レポートの見方と解析の仕方 クイックガイド』