アルテラ社製開発 KIT で FPGA へプログラム後 "FPGA was successfully programmed" のメッセージが表示されますが、このメッセージの後に、デベロップメントボードがファクトリコンフィギュレーションに戻ってしまうことがあります。
 
この現象は、未使用ピンの処理方法が原因で発生している事が考えられます。
未使用ピンの処理が間違っていると、FPGA がユーザーモードになった際、FPGA と接続されているデバイスとの信号のコンフリクトが発生してしまい、最悪デバイスが破損してしまう恐れがある為、Factory Design が起動していると考えられます。
 
以下の方法で未使用ピンの処理を変更し、再度動作確認してみてください。
 1. Assignments menu ⇒ Device ⇒ Device&Pin Options を選択
 2. Unused pins 設定を "As Inputs tri-stated" に変更
 3. デザインを再コンパイルし、再度書き込み
 
尚、各ピン毎、個別設定することも可能です。
設定方法につきましては、資料 『 Quartus II はじめてガイド － ピン・アサインの方法 』 より、"リザーブ・ピンのアサイン方法 (個別設定)" をご参照ください。