１つの手段として、現行プロジェクトのピン・アサイン情報を CSV ファイルに Export し、他プロジェクトにて取り込ませる方法がございます。
 
方法は下記の通りです。
 
[ 現行プロジェクトでの Export 方法 ]
1. 現行プロジェクトの Pin Planner をアクティブ・ウィンドウにし、Quartus II のメニューバーより
   File → Export を選択します。
2. ファイル名を指定し、Export ボタンを押します。
   （指定したディレクトリ内に、****.csv というファイルが生成されます）
 
[ 他プロジェクトでの Import 方法 ]
1. Quartus II のメニューバーより Assignments → Import Assignments を選択してください。
2. Export した csv ファイルを指定し、OK を選択します。
 
以上で、現行プロジェクトのピン・アサイン情報を他プロジェクトへ移行することが可能です。
しっかりと取り込めたかどうかを、PinPlanner 等でご確認下さい。