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Intel:INIT_DONE Pin はその Bank の VCCIO よりも高い電圧でプルアップすることは可能ですか?

はい、可能です。
 
INIT_DONE はオープンドレインとして機能しますので、ご使用デバイスの絶対最大定格以下の電圧を入力することができます。
CRC_ERROR も同様の処理が可能です。
 
絶対最大定格等の詳細につきましては、各デバイスの Device Handbook を参照ください。
 
アルテラ社の Web サイトにも同様の記載がございましたので、ご参照ください。

  https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd06292008_741.html
 

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