はい、可能です。

下記に設定方法を紹介します。
  1. Quartus II のプルダウン・メニューバー より Processing ⇒ Simulator Tool を選択
  2. Simulator Tool 画面を表示内の Automatically add pins to simulation output waveforms のチェック
    を外す
 
※ このチェックがついている場合、自動で全ての出力ピンがシミュレーション・レポートに表示されます。