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Intel：Stratix IV では VCCIO に入力する最大電圧が 3.0V となっていますが、3.3V の I/O Standard はサポートしていないのでしょうか？
ご認識のとおり、Stratix IV では VCCIO = 3.3V はサポートしておりません。
ただし、VCCIO = 3.0V にすることで、3.3V-LVTTL や 3.3V-LVCMOS と接続が可能です。
このことは、下記 URL リンクの Device Handbook に、
"The 3.3-V LVTTL/LVCMOS standard is supported using VCCIO at 3.0 V." とございます。
その他の情報も掲載されておりますので、是非ご参照ください。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/stratix-iv/stx4_siv51006.pdf
Quartus II の設定としましては、Assignment Editor や Pin Planner を使用し、該当ピンに対し3.3V-LVTTL や3.3V-LVCMOS を選択します。
コンパイル実施後、3.3V-LVTTL や 3.3V-LVCMOS で登録したピンが配置されている Bank の VCCIO を見ますと、3.0V で設定されていることが確認できます。
経験豊富なFAEが