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Intel:FPGA のコンフィグレーションは EPCS から AS モードで行っていて、この EPCS に Nios II のプログラムも入れたいのですが可能ですか?

Nios II

可能です。
EPCS デバイスはシリアル ROM ですので、動作スピードがクリティカルになるケースにはお勧めできません。
 
方法は、Nios II の reset vector を epcs_controller に設定することで対応可能です。
前提条件として、epcs_controller のペリフェラルを追加してあることが必要です。
また、EPCS デバイスにコンフィグレーションデータと Nios II プログラムを格納するために必要なメモリ容量があることが条件となります。

 

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