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Configuration via Protocol (CvP) で Initialization Mode が終了し User Mode に移行したことを確認する方法はありますか？
PCI Express
カテゴリ：PCI-Express® (PCIe)
ツール：Quartus® Prime
デバイス：Arria® 10
ハードウェア的に確認するには INIT_DONE 信号を確認してください
ソフトウェア側での確認方法としては、IP のレジスタを使用可能です。
IP 内には Altera-Defined VSEC Registers というものがあり、0x21C に CvP Status が用意されています。
その中の、21bit 目が User Mode を示します。
詳細は下記ドキュメントを参照してください。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/ug/ug_cvp.pdf
（VSEC Registers for CvP などのキーワードで検索してください。）
経験豊富なFAEが