MAX10ボードではMAX 10デバイスのJTAGピンとJTAGヘッダもしくはSensorボード上のEFM32マイコンと接続するのにアナログスイッチを使用しています。

USB BlasterをJTAGヘッダに接続することで、JTAGヘッダの2番ピンがGNDに接続され、これによりアナログスイッチがJTAGピンをJTAGヘッダに接続し、EFM32への接続を切断します。
結果的にFPGAを使うPersonalityが選択されてもEFM32マイコンがFPGAをプログラミングすることができずPersonalityのロードが失敗します。

Personalityのロードにはまず、USB Blasterを引き抜くようにしてください。
JTAGヘッダ経由でFPGAデザインを書き換えたい場合は、Personalityがロードされた後行ってください。