SignalTap II において、Viewer では表示されているのに Node finder でノードが検出されません。何か考えられることはありますか?
以下のナレッジ・データベースに該当していると考えられます。
https://www.altera.com/support/support-resources/knowledge-base/solutions/rd08152013_498.html
トップのデザインが xxxxx.vhd (小文字)で Entity 名が XXXX (大文字)であることにより Node Finder 上で表示できなかったと思われます。
トップのデザイン名と Entity 名を大文字か小文字のどちらかに統一していただくことで解消されます。