いいえ、問題となります。LTC3245に限らず、半導体デバイスのGNDは内部でGND共通となっていますが、インピーダンスが高い状態での接続の為、必ずICの外でGNDピン同士を接続するようにしてください。LTC3245の場合、Exposed Pad（13ピン）は放熱を目的としているため、未接続になると熱抵抗が高くなり放熱が十分でないためにジャンクション温度が上がることで、環境温度に対する最大出力電流が低下することが予想され、スイッチングの帰還電流経路も弱くなるためノイズの増加などの可能性もあります。
一方、12ピンのGNDがオープンになると、信号系の基準が弱くなるため、入出力条件やレイアウトによっては出力電圧が安定しないなどの不安定な動作と成る可能性があります。