昇圧回路はダイオードとインダクターを通してVINに接続されていますので、シャットダウンするとVINの3.3VからダイオードのVF分降下した電圧が出力に現れます。

反転回路はVINとはコンデンサーで結合されているため、シャットダウンした時に電圧は現れません（0V）が、インダクター

を通してダイオードでGNDに落ちているため正電圧に対する直流的インピーダンスは低くなります。