Simplicity StudioはEclipseベースの開発環境であるため、未保証ではありますが、プラグインの導入が可能です。バージョン管理系のプラグインでは、git，subversion（SVN）などが利用可能です。
設定方法ですが、Simplicity Studio上でCtrl+3　（Ctrlキーと、数字の3キーを同時押し） でQuick Accessウィンドウを呼び出し、New Install Softwareと入力してInstallウィンドウを開きます。ここから先は通常のEclipseと同様で、Addボタンからリポジトリの追加が可能です。例えばEGitの場合であれば下記のように追加します。必要なパラメータをセットすれば、通常のEclipseと同様に利用可能となります。

Name:　任意の名前（EGitなど）
Location:　http://download.eclipse.org/egit/updates

各プラグインの設定項目は、Simplicity IDE ⇒ Windowメニュー ⇒ Preferences ⇒ Team の下に追加される各項目から設定可能です。
バージョン依存のあるプラグインについては、Eclipse v4.5系（Mars系）に適合するものを適用可能です。ただし、全てのプラグインの動作を保証するものではありません。