それぞれのファイルについて、以下に説明します。

• PPF ファイル：Pin Planner File の略
  
  Pin Planner 用のファイルです。
  Megafunction で生成されたデザインに対するポートやノード情報が含まれます。
  

• QIP ファイル：Quartus II IP File の略
  
  MegaWizard Plug-In Manager で生成されたデザイン情報が入っているファイルです。
  MegaWizard Plug-In Manager で生成されたファイルは QIP ファイルに登録されます。
  MegaWizard Plug-In Manager を使用した場合には､QIP ファイルより必要なファイル群を自動的に読み込みます。
  Quartus II の Assignments メニュー ⇒ Settings ⇒ Files に QIP ファイルが登録されていることをご確認ください。
  なお、QIP ファイルが未登録の場合は、関連する情報を全て手動で登録する必要がありますので、ご注意ください。
  
  

以下に､Quartus II 関連ファイルの拡張子と意味などが一覧となっていますので、必要に応じてご覧ください。(Quartus II v14.1)
 http://quartushelp.altera.com/14.1/mergedProjects/reference/glossary/def_file_types.htm