カテゴリ：PCI-Express® (PCIe)
ツール：－
デバイス：Cyclone® IV


通常は、ルート・コンプレックス側から送られてくる 100MHz のクロックを使用して動作させます。
この手法では、ルート・コンプレックス側とエンドポイント側で周波数偏差が 0ppm となるため、安定した通信が可能です。

しかし、PCIe の規格では、300ppm 以内の周波数偏差を吸収するように規定されております。
アルテラのデバイスでも、周波数偏差を吸収する機能が実装されているため、ルート・コンプレックス側の基準クロックに対して、300ppm 以内の精度のクロックであれば、別のクロックでも問題ありません。

詳細は、以下のドキュメントを参照してください。
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/hb/cyclone-iv/cyclone4-handbook.pdf
（Clock Rate Compensation のキーワードで検索してください。）

今回のケースでは、オンボードでできるだけ精度のよい 100Mhz のクロックを refclk として使用すれば良いと思います。