Quartus II の Assignment Name 内でそれぞれの制約が選択できます。

Weak Pull-Up Resistor は、デバイスの端子に対してデバイス内部のプルアップ抵抗により、High に吊ります。
Passive Resistor は、Function Simulation のみで使用する仮想抵抗となります。 なので、アルテラデバイスでサポートされていない Pull-Down 設定が可能となってります。