Quartus II インストールディレクトリ内にある "quartus_pgm" というコマンドを使用することで書き込み可能です。

コマンド入力の一例を下記に示します。
  quartus_pgm --cable="USB-Blaster [USB-0]" --mode=AS -o pl; test.pof
　
コマンド・オプション等の詳細につきましては、quartus_pgm -h とタイプし、ご参照下さい。