違いは以下の通りです。
 ・Total block memory bits ： デザイン上で宣言されたメモリ使用量・・・(A)
 ・Total block memory implementation bits ： 使用メモリブロックのメモリビット総量・・・(B)

Cyclone IV の場合
例１ ： 2,048bits のメモリを宣言した場合、(A) は 2,048bits になります。
使用されるM9K ブロックは1個使用されますので、（B) は9,216bits になります。

例2 ： 2,048bits のメモリを10個宣言した場合、(A) は 2,048×10= 20,480bits になります。
使用される M9K ブロックは10個使用されますので、（B) は9,216×10= 92,160bits になります。

メモリのデザインにより、使用されるメモリブロックが小さくなる事があります。
これは、Cyclone IV の Packed Mode や、M9Kブロックではなく、LE で構成されたことにより、M9K の使用個数が減少したことによります。