Quartus II の Programmer には、デバイス内のデータを消去するイレース機能があります。

操作手順は以下のとおりです。
 1. Hardware Setup よりダウンロード・ケーブルを選択。
 2. Mode を選択。
    - 対象デバイスおよび接続環境に応じて、JTAG または Active Serial Programming モードを選択。
 3. Add Device よりイレース対象デバイスを選択。
    - JTAG ポートより実行する場合には、Auto Detect 機能を活用しデバイスを検出することをお奨めし
      ます。 
    - JTAG ポートからFPGA に接続されている EPCS デバイスをイレースする場合には、FPGA にシリア
      ル・フラッシュ・ローダ（SFL）が必要です。以下の操作を行ってください。 
    1) Add Device において EPCS デバイスと対応する FPGA デバイスを選択
       （または Auto Detect 機能により検出） 
    2) FPGA を選択し、右クリック ⇒ Attach Flash Device を選択 
    3) Device family 欄より "ASC Device" を選択し、Device name 欄より ターゲットの EPCS デバイス
        の型式を選択
 4. プログラミング・オプションより "Erase" を選択
    - SFL 経由による EPCS デバイスのイレース実行の場合、EPCS デバイスの Erase オプションを選択
 5. Start ボタンより実行


関連資料
Quartus® はじめてガイド - デバイス・プログラミングの方法