カテゴリ：Quartus® Prime
ツール：Quartus® Prime
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AN 556 に記載されているサンプル記述は、key1 と key2 の後が改行されてしまっているように見えます。
各 Key の後は改行しないでください。

＜例＞
修正前（AN 556 オリジナル）

# This is an example key file
key1
0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF
key2
ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789

修正後

# This is an example key file
key1 0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF
key2 ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789ABCDEF0123456789

参考情報
AN 556: Using the Design Security Features in Intel FPGAs
https://www.altera.com/en_US/pdfs/literature/an/an556.pdf
（This is an example key file で検索してください。）