FPGA は LVDS の Receiver にアサインされたピンは、フローティングにしても良いですか?
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アルテラ・デバイスには、Fail-Safe 回路が搭載されておりませんので、LVDS 入力ピンがフローティング (オープン) になる場合には、外部に Fail-Safe 回路を構成する必要があります。
アルテラ Web にも同様の情報が掲載されておりますので、下記 URL リンク情報もあわせてご参照下さい。
Do Altera devices have fail safe circuitry for differential receivers?